در چهاردهم مهر ماه سال ۱۳۷۸ با موافقت و تصویب شهرداران کلانشهر های ایران که در آن زمان بر اساس موضوع ماده ۳۹ قانون مالیات بر ارزش افزوده هشت شهرداری دارای یک میلیون نفر جمعیت به بالا به عنوان کلانشهر محسوب می شوند با هدف انتقال تجارب و حفظ حقوق و منافع مشترك و عمومی شهرداری ها و تقویت مدیریت شهری ، در غیاب اتحادیه شهرداران مجمع شهرداران کلانشهرهای ایران در کلانشهر مشهد مقدس تاسيس گردید.

در سال ۱۳۸۵ با درخواست شهردار وقت تهران و تصویب شهرداران عضو ، به منظور ارتقاء جایگاه این مجمع ، مرکزیت آن به تهران منتقل گردید .

همچنین براساس تفويض هيئت وزيران به شورای عالی شهرسازی و معماري ایران مبنى بر تعریف کلانشهرهای کشور در مورخ ۳۰/ آبان ماه/۱۳۸۸ این شورا طبق مصوبه شماره ۳۰۳۰۶-۳۳۰-۳۰۰ خود شهرهای دارای جمعیت بیش از ۵۰۰ هزار نفر را به عنوان کلانشهر اعلام نمود. بر این اساس شهر های مركز استان که دارای این جمعیت بودند نیز به عضویت مجمع درآمدند و در حال حاضر مجمع دارای بیست عضو می باشد.

بر اساس رای گیری به عمل آمده در مورخ ۳۰/آذرماه/۱۴۰۰ شهردار کلانشهر تهران جناب آقای دکتر زاکانی به سمت ریاست مجمع شهرداران کلانشهر های ایران انتخاب گردید .

و ایشان نیز با هدف پیگیری و افزایش ارتباطات جناب آقای مهندس احسان متولیان را به عنوان دبیرکل مجمع شهرداران کلانشهرهای ایران منصوب نمودند.

در پایان شایان ذکر است که با توجه به مصوبه مجمع شهرداران کلانشهرهای ایران نشست های این مجمع بصورت فصلی با حضور همه ی اعضا برگزار شده و همچنین متناظر با معاونت ها ، ادارات کل و سازمان های شهرداری ها ، کمیسیون های دهگانه مجمع نیز هم نشست های تخصصی خود را بصورت فصلی برگزار خواهند کرد.